2013年11月，深圳市巨航保税物流有限公司获选为广东保税区域协会第一届会员单位。

广东保税区域协会是经广东省社会组织管理局核准登记，由广东保税区域内从事保税区域开发管理的企事业单位、享受国家保税政策的企事业单位和本省热心保税业务的专家、学者和相关人士自愿组成的专业性非营利且具有法人资格的地方性社会组织。广东保税区域协会会长何应欢表示，协会将致力于凝聚会员单位力量，共同促进广东外经贸的转型升级。

目前，广东省的保税港区、综合保税区、出口加工区和保税物流中心等各类海关特殊监管区域（场所）共有18个，进口保税仓库和出口监管仓库数量众多。巨航保税物流作为广东保税区域协会的一员，当全力配合，贡献自身的力量，维护协会的宗旨。